SMAIT PUTRI ALHANIF menyediakan beberapa jalur pendaftaran dalam PPDB Online. Disamping itu SMAIT PUTRI ALHANIF juga menyediakan 2 Jenis program yaitu program FULL DAY dan jenis program ASRAMA untuk masing-masing jalur pendaftaran. Jalur Pendaftaran diantaranya sebagai berikut :

1. Jalur Umum adalah jalur ini untuk semua calon peserta didik baik SMP/MTS, Swasta/Negeri yang ingin menempuh pendidikan di SMAIT PUTRI ALHANIF yang berbasis kurikulum Merdeka

2. Jalur Takhosus adalah jalur ini untuk semua calon peserta didik baik SMP/MTS, Swasta/Negeri yang ingin menempuh pendidikan di SMAIT PUTRI ALHANIF yang berbasis pada program peminatan khusus Diniyah